Поселение древней Куро-Аракской культуры (4000 — 2200 гг. до н. э.), которая относится к раннему бронзовому веку
Современный Ахалцихе, в пределах Грузинского царства, был основан в первой половине XII века н. э. С XIV века до 80-х годов XVI века Ахалцихе являлся центром культуры, политики и экономики области Месхетия и резиденцией атабеков из рода Джакели. Правитель Ахалцихе Саркис II (1306—1334) сделался независимым властителем Самцхе, приняв турецкий титул атабека, почему и область называли Самцхе-Саатабаго (владение атабека).
В 1579 году город попал под власть Османской империи и с 1628 года город стал центром Ахалцихской провинции Османской империи.
В декабре 1810 года Тамаз Орбелиани участвовал в походе на Ахалцихе совместно с генералом А. Тормасовым, и после десятидневной осады был вынужден отступить в Боржомское ущелье. Там его бойцы обнаружили боржомские минеральные источники.
В ходе русско-турецкой войны 1828—1829 года в августе 1828 года у стен Ахалцихе произошло сражение между русскими войсками под командованием генерала И. Ф. Паскевича (9 тыс. чел.) и 30-тысячной турецкой армией под общим командованием Киос-Магомет-паши. Турецкие войска были разбиты и отступили, после чего крепость была занята русскими войсками. В феврале 1829 года турецкие войска попытались отбить крепость. Оборона крепости Ахалцихе длилась с 20 февраля по 4 марта 1829 года. Отбив первый штурм, гарнизон держался ещё 12 дней, после чего к ним подошло подкрепление, заставившее турок отступить.
В 1829 году по итогам Адрианопольского мира крепость Ахалцихе была присоединена к России

Ахалцихская крепость (Рабати) - средневековая крепость, построенная в IX веке под названием Ломсиа, недавно глобально реконструированная.
Первоначальное название крепости в IX векe было Ломсиа, что с грузинского переводится как «львиная», в конце XII века Ломсиа приобрело новое имя Ахалцихе что дословно переводится как «новая крепость», современное одно из названий «рабат» арабского происхождения и означает любое укрепленное место. Обычно так называли торговый квартал при крепости, ранее в районе Рабата жили в основном еврейские купцы и ремесленники, oднако название постепенно приклеилось к самой крепости, строго формально рабатом считается та часть Ахалцихе, которая находится на высоте у крепости.
Территория занимает 7 га и разделена на две части: Верхнюю (где сохранились исторические строения) и Нижнюю (с современной инфраструктурой).
 В 1578 году эта крепость перешла во владение Османской империи, и долгое время она являлась важным укреплением на рубежах империи .
В ходе войны между русскими войсками и турками в 1828 году крепость была занята русскими войсками. В ходе Крымской войны эта крепость тоже сыграла важную роль.